La chiesa iuxta flumen Mellinum è documentata fin dal 956 come pertinenza dell’abbazia di San Michele Arcangelo ed elencata nella bolla di papa Lucio III emanata nel 1182 con il titolo di Sanctus Flavianus.
Il monastero delle Clarisse in Campomoro è menzionato per la prima volta nel 1289, nella bolla di papa Niccolò IV, il cardinale Girolamo Masci da Ascoli OFM. Nel 1555, anticipando i decreti tridentini, le religiose alienarono l’antica sede per trasferirsi nella sede intra mœnia in prossimità del complesso conventuale di San Francesco. Qui rimasero fino alle soppressioni postunitarie, trovando la sede definitiva presso il monastero intitolato ai Santi Fabiano e Sebastiano in via Garibaldi.